化学工程学院下设教学行政机构、党群组织机构两大机构，共计10个部门。
教学行政机构：综合办公室、学生工作办公室、应用化学系、化学工程系、环境工程系、教学科研办公室。
党群组织机构：化学工程党支部、应用化学党支部、学生党支部、学院工会委员会。
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